Hallo Ron07,
Du hast genau den klassischen Fehler gemacht.
Das Zusammenfassen ist für die Folgedateien einer Aufnahme gemacht und nicht um mehrere Sendungen zusammenzufassen. Wenn auf eine DVD 2 Filme sollen, so sind diese als gesonderte Dateien zu behandeln.
Die lange Laufzeit bei Dir ist auch einfach zu erklären:
Vielleicht hast Du dich gewundert, wieso wir an jeder Stelle in der Aufnahme die Laufzeit der Aufnahme sofort anzeigen können. Ganz einfach:
Der Sender hat in der Übertragung Zeitstempel versteckt und anhand der Zeitstempeldifferenz Position minus Anfang kann man genau sagen, wieviele Zeiteinheiten seit dem Anfang vergangen sind.
Die Zeitstempel werden aber nicht bei jeder Aufnahme mit Null begonnen, sondern Zählen so lange hoch, bis die maximale Zahl erreicht ist und dann geht es wieder bei Null los. Dieses Zurücksetzen ist in DVR-Studio HD bedacht und wäre dies innerhalb einer Aufnahme würde es dennoch nicht stören.
Nur bei Deiner zweiten Aufnahme beginnt es nicht bei Null und das hat Folgen:
Angenommen Dein erster Film würde von Stempel 50.000 bis 60.000 gehen. Dein Zweiter aber von 120.000 bis 130.000 und Du fügst diese beiden Filme zusammen. Ergebnis: Die Spielzeitberechnung würde ergeben 120.000-50.000 = 70.000 Zeiteinheiten.
Folge: Es wird falsch angezeigt und genau das ist bei Dir der Fall.
Wenn Du Aufnahmen von verschiedenen Zeitpunkten dennoch vereinen möchtest, weil es wirklich zwei Teile der gleichen Sendung sind, versuche folgenden Trick:

Fasse sie zusammen und störe Dich nicht an der angezeigten Laufzeit.
Bitte noch keine Schnitte machen! Nur einlesen und zusammen fassen.

Exportiere die Zusammenstellung als TS. Das hat zur Folge, das bei dem Export die Zeitstempel neu beginnend von Null geschrieben werden.

Lade diese neue Datei wieder in einem neuen Projekt (WICHTIG) in DVR-Studio HD. Da nun die neue Zeitlinie gelesen wird, wird auch die Zeitberechnung wieder stimmen.
Nun kannst Du diesen neuen Film ganz normal bearbeiten.
Wenn ich mir Deine Schnittdefinitionen ansehe, vermute ich den zweiten Gedankenfehler:
Du hast die ergangene Schnittlogik und hier definierst Du was rausfliegt.
Also: CutIn = Anfang des Werbeblocks; CutOut = Erstes Bild NACH dem Werbeblock
Du kannst aber auch in den Einstellungen auf die grüne Logik umschalten. Da schneidest Du genau umgekehrt.